本作是高斯奥特曼剧场版三部曲的第二部。第一部是是高斯奥特曼第一次到地球的故事，同时也是高斯奥特曼第一次和春野武藏相遇的故事。本部是衔接高斯奥特曼TV版的故事往后发展的剧情，武藏在去观察朱兰行星的环境时发现朱兰行星的环境已经被怪兽破坏了，就在武藏遭遇危险时高斯奥特曼出现，救下了武藏。后来。武藏去参加好朋友的婚礼，在塞班岛上遇到了外星人晓和外星人仁。他们的故乡因为遭受宇宙怪兽的攻击而被毁灭，他们来到地球的海底世界，希望能够研究出让故乡自然再生的方法。然而，宇宙怪兽却派出侵略者前来袭击地球。危机时刻，消失已久的巨人高斯奥特曼再次出现。不过，由于敌人十分强大，就连高斯奥特曼也难以招架。这时第二位奥特战士杰斯提斯奥特曼登场了，杰斯提斯奥特曼也是一位充满正义的奥特战士，他和高斯奥特曼联手，一起击败了怪兽，守护了地球的和平。

终于达成少年时代的梦想而成为宇宙飞行员的武藏，在参加好朋友务的婚礼时，于塞班岛遇上异星人夏乌和吉恩。夏乌和吉恩的故乡，因为遭受宇宙怪兽山多洛斯的攻击而被毁灭，他们来到地球的海底世界Blue Area，希望能够研究出让故乡自然再生的方法。然而，山多洛斯却与此同时派出侵略武器史寇比斯前来地球袭击，即使连K2护盾都抵挡不住了！威胁一步一步地逼近，大家都期盼消失已久的超人高斯再次出现……

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